Ông là con trai của vua Thutmosis IV (con trai của Amenhotep II) với một người vợ bé tên là Mutemwiya, Amenhotep sinh vào khoảng năm 1388 TCN.[5] Ông còn là một thành viên của vương triều Thutmosis đã trị vì Ai Cập trong gần 150 năm kể từ vương triều của Thutmose I.

Amenhotep III là cha của hai người con trai với Người Vợ Hoàng Gia Vĩ Đại Tiye, người con đầu là thái tử Thutmose vốn mất trước ông, và người con trai thứ hai là Amenhotep IV, sau này được biết đến với tên gọi Akhenaten, sau này kế vị Amenhotep III. Amenhotep III cũng có thể là cha của một người con trai thứ ba có tên là Smenkhkare, sau này sẽ kế vị Akhenaten trở thành pharaon và trị vì Ai Cập trong một thời gian ngắn.

Amenhotep III và Tiye cũng có thể đã có bốn người con gái: Sitamun, Henuttaneb, Isis hoặc Iset, và Nebetah [6] Họ thường xuyên xuất hiện trên các bức tượng và phù điêu dưới vương triều của ông và cũng được miêu tả bằng các bức tượng nhỏ hơn -nngoại trừ Nebetah.[7] Nebetah được chứng thực chỉ duy nhất một lần trong các ghi chép lịch sử là từ các bức tượng đá vôi khổng lồ tại Medinet Habu.[8] Tác phẩm điêu khắc khổng lồ này cao bảy mét, cho thấy Amenhotep III và Tiye ngồi cạnh nhau, " với ba người con gái của họ đứng trước ngai vàng - Henuttaneb, lớn nhất và được bảo quản tốt nhất, đứng ở giữa; Nebetah bên phải; và một người khác bên trái bị mất tên "[6].

Amenhotep III đã tấn phong hai trong số bốn người con gái của ông-Sitamun và Isis- tước hiệu "người vợ hoàng gia vĩ đại" trong thập niên cuối cùng dưới vương triều của ông. Bằng chứng là Sitamun đã được tấn phong tước hiệu này vào năm thứ 30 dưới vương triều của ông, nhờ những chữ khắc trên nhãn chiếc bình được phát hiện từ cung điện hoàng gia ở Malkata.[6]

Amenhotep III còn được biết là đã kết hôn với một số người vợ ngoại quốc:

• Gilukhepa, con gái vua Shuttarna II của Mitanni, vào năm thứ mười dưới vương triều của ông.[9]
• Tadukhepa, con gái vị vua đồng minh Tushratta của Mitanni, Khoảng năm 36 dưới vương triều của ông.[10][11]
• Một người con gái của vua Kurigalzu, vua của Babylon.[11]
• Một người con gái của vua Kadashman-Enlil, vua của Babylon.[11]
• Một người con gái của Tarhundaradu, vua của Arzawa.[11]
• Một người con gái của vua xứ Ammia (Syria ngày nay).[11]